Elfen Lied este povestea unei specii de umanoizi, numiți Diclonius, care se remarcă prin prezențare pe cap a unor protuberanțe. Discriminarea față de aceștia se exteriorizează prin folosirea câtorva dintre ei în cadrul unor experimente. Prin tactici violente, oamenii voiau să studieze capacitățile, limitele și modul de gândire a acestora.
Temele abordate în Elfen Lied variază de la clișeul dublei personalități, identitatea socială la tortură, viața de familie, perceperea trecutului și a prezentului. Serialul urmărește evoluția psihologică a personajelor, care sunt profund marcate de trecutul lor (trist de altfel).